Après avoir rejoint la résistance contre le bakufu, Gintoki et le gang se cachent, avec Katsura et ses rebelles Joui. Les Yorozuya sont bientôt approchés par Nobume Imai et deux membres des Kiheitai, qui expliquent que les pirates Harusame se sont retournés contre le capitaine Kamui de la 7e division et leur ancien allié Takasugi. Les Kiheitai présentent Gintoki avec un emploi: trouver Takasugi, qui a disparu depuis que son navire a été embusqué dans un raid Harusame. Nobume fait également une révélation étonnante concernant le Tendoushuu, une organisation secrète tirant les cordes de nombreuses factions, et leur chef Utsuro, la figure obscure avec une ressemblance étrange avec l'ancien professeur de Gintoki. En faisant un tour sur le vaisseau spatial de Sakamoto, les Yorozuya et Katsura se sont rendus à Rakuyou, la planète natale de Kagura, où les différentes factions se sont rassemblées et les tensions se multiplient. Des rancunes de longue date, des luttes politiques et le sinistre plan global du Tendoushuu culminent finalement dans une bataille massive et décisive contre Rakuyou.